复旦大学创建于1905年，原名复旦公学，于光绪三十一年(1905)中秋节正式开学，是第一所由中国人通过民间集资自主创办的高等学校。“复旦”二字由创始人、中国近代知名教育家马相伯先生选定，选自《尚书大传·虞夏传》中《卿云歌》“日月光华，旦复旦兮”的名句，意在自强不息，寄托当时中国知识分子自主办学、教育强国的希望。一百多年来，复旦大学经历了数不清的风风雨雨，然而“复旦”二字却深深地镌刻进了一代又一代复旦人的心中。2005年是复旦大学的百年校庆。国家主席胡锦涛发来贺信，贺信中称复旦大学是“由中国人自主创办的第一所私立大学”。全国人大常委会委员长吴邦国参加校庆大会并致词。国家邮政总局发行复旦百年校庆纪念邮票，这是继北京大学百年校庆后我国第二次为一所大学百年校庆发行邮票。2006年，“复旦”被评为上海市著名商标；2007年，“复旦”商标（包括“复旦”二字和图形标识）被国家工商行政管理总局商标局认定为中国驰名商标（教育类），复旦因此成为继清华之后，中国第二所获此殊荣的高校。

复旦大学经历逾百年的沿革。1917年复旦公学改名为私立复旦大学，下设文、理、商三科以及预科和中学部。1937年抗日战争爆发后，学校内迁重庆北碚， 并于1941年改为“国立”。1946年学校迁回上海江湾原址。到1949年学校已设立文、理、法、商、农五院20多个系（科）。鲁迅、郭沫若、邹韬奋、老舍、竺可桢、马寅初等著名学者曾到校演讲或任教。1950年高校初步进行院系调整，复旦大学的海洋系并入山东大学；上海暨南大学的文、法、商三院，同济大学的文、法两院，以及浙江大学、英士大学的部分系科并入复旦大学。1952年秋全国高校院系调整，复旦大学的法学院、商学院、农学院调出，分别成立了华东政法学院、上海财经学院和沈阳农学院；而华东地区的浙江大学、交通大学、南京大学、安徽大学、金陵大学、圣约翰大学、沪江大学、震旦大学、大同大学、光华大学、大夏大学、上海学院、中华工商专科学校、中国新闻专科学校等高等院校的文、理科有关系科并入复旦大学。二十世纪80年代以后，尤其是通过国家教育部和上海市共同建设，以及“七五”、“八五”和“九五”的重点建设，复旦大学逐步发展成为一所人文科学、社会科学、自然科学、技术科学以及管理科学在内的多科性研究型综合大学。2000年4月27日上海医科大学与复旦大学合并，成立新的复旦大学。上海医科大学创建于1927年，是中国人自己创办的第一所高等医学院校。建院时定名为第四中山大学医学院，1932年改名为国立上海医学院，1952年更名为上海第一医学院，1959年被中央指定为全国16所重点高等院校之一，1985年改名为上海医科大学。上海医科大学与复旦大学合并，进一步拓宽了复旦大学的学科结构，为综合性大学的发展目标奠定了坚实的基础。

复旦大学现有哲学学院、外国语言文学学院、新闻学院、法学院、国际关系与公共事务学院、社会发展与公共政策学院、经济学院、管理学院、数学科学学院、生命科学学院、信息科学与工程学院、计算机科学技术学院、上海医学院、公共卫生学院、药学院和护理学院等16个全日制学院（含70个系），中国语言文学系、历史学系、文物与博物馆学系、旅游学系、艺术设计系、物理学系、化学系、力学与工程科学系、光源与照明工程系、材料科学系、高分子科学系、环境科学与工程系等12个系，以及社会科学基础部、体育教学部、大学英语教学部、艺术教育中心等4个公共教学部门和复旦学院。共设有本科专业70个，一级学科博士学位授权点24个，博士学位授权学科、专业点153个（其中自设29个，专业学位1个），硕士学位授权学科、专业点225个（其中自设50个，专业学位8个），并设有25个博士后科研流动站。学校还拥有中山医院、华山医院、眼耳鼻喉科医院、肿瘤医院、妇产科医院、儿科医院、华东医院、金山医院、上海市第五人民医院、上海市公共卫生临床中心等10个附属医院。此外，学校还与有关机构合作举办了复旦大学太平洋金融学院 、复旦大学上海视觉艺术学院等2所独立二级学院。

自1952年以来，复旦大学（含原上海医科大学）共培养了78名院士，仅次于北京大学、清华大学。其中复旦（含原上海医学院）培养的中国科学院院士有53人，排名全国高校第二位，仅次于北京大学。复旦大学（含原上海医学院）还培养了48位长江学者，排名并列第三。在学术研究人才培养方面，复旦大学为中国做出了卓越的贡献。 自1998年教育部开始评选全国优秀博士学位论文以来，复旦大学（含原上海医学院）共培养了优秀博士45人，仅次于北京大学、清华大学。